步骤1：先决定使用哪种天然酵种发酵流程。如果不做酵头，直接使用含水量为 100%的天然酵种，那么天然酵种的重量一般占面粉总量的 25%~55%，具体比例根据天然酵种的活力、面团中其他原料（有的原料会阻碍发酵）、室温、想要的发酵速度（发酵太快，成品口感和组织会欠佳；发酵太慢，不仅费时费力而且成品可能很酸）、面粉中黑麦粉和其他粗粮的比例等因素而定，所以说经验很重要。这还只是最基本的步骤，其他复杂的步骤（包括先用天然酵种做一定比例的酵头，然后将其揉入主面团）就更需要经验了，这样你才知道哪种酵头比例最符合自己的喜好。 还有的面团用一部分天然酵种来增味，同时用干酵母来发酵，这就需要另一种制作方法了。建议先严格按照不同天然酵种面包的配方操作以了解不同发酵流程的效果，以便选择最适合自己的一种。
步骤2：假设选择直接使用占面粉总量40%、含水量为 100%的天然酵种来发酵，而原配方中面粉总量是F，液体总量是W，那么天然酵种用量就是 40%× F。由于含水量为 100%的天然酵种中一半是水，一半是面粉，所以天然酵种中水的重量是 20%× F，面粉的重量也是 20%×F，因此要添加的面粉的重量是（F-20%×F）= (80%×F)，水的重量是（W-20%×F)。
步骤3：确定了天然酵种的用量以及另外需要加入的面粉和水的重量，其余的原料可以按原配方的比例加入同时省略干酵母。
步骤4：发酵的时间和流程要与你所选择的天然酵种配方中的一致，不可照搬原来的干酵母配方。