第一步：混合以上配方中的黑麦粉和水，搅拌均匀，放入消毒干净的容器，加盖，室温下静置24 小时。
静置24 小时后，酵种的膨胀幅度不大，这是正常的。可以进行第二步了。
第二步：把第一步的酵种与第二步配方中的高粉 和水充分搅拌，放入清洗过的容器，加盖，室温下静置 24 小时。本配方培养的是高粉天然酵种。要想培养 100% 全麦天然酵种，用全麦粉代替高粉就可以了。 酵种在静置期间应该膨胀至原来体积的 1.5倍以上（即膨账幅度大于 50%），否则不能进行第三步。
4 图是酵种静置 12 小时后的状态： 酵种明显膨胀，表面有很多小气孔。 静置24 小时后，酵种可能已经从膨胀最大的状态回落了，但只要它在24小时内曾经膨胀到原来体积的 1.5 倍以上，就可以进行第三步。
即使你没有亲眼观察到膨胀到最大的状态，从图5容器内壁酵种膨胀后留下的痕迹也可以判断。
第三步：取上一步制成的酵种的一半（丟弃另一半），与以上配方中的高粉和水充分搅拌，放入消毒过的容器（图4-6)，加盖，室温下静置 24 小时。 酵种在静置期间应该膨胀至原来体积的2倍以上（即膨账幅度大于 100%）。如果没有达到，就再等 12~24 小时，直至酵种体积变为原来的2倍，否则不能进行第四步。
图7是酵种静置 12小时后的状态。
静置24 小时后，酵种可能己经从膨账最大的状态回落了，但只要曾经膨账到原来体积的 2 倍就可以了。
第四步：取上一步酵种的一半（丢弃另一半），和以上配方中的高粉和水充分搅拌，放入干净的容器中（图4-9），加盖，室温下静置。
在静置期间仔细观察，如果酵种膨脈 到原来体积的2 倍以上（图4-10)，就可以进行第五步，膨胀过程可能耗时 4~24小时，时间长短视酵种的活力而定。
取上一步的酵种 50g（丟弃剩下的），混合以上配方中的原料并搅拌均匀，放入干净的容器中（图4-11），加盖。
室温下静置6小时之后，你会看到有很多气泡产生。继续静置，等它膨胀到原来体积的2倍以上 （耗时应该在24 小时以内），就可以开始正常喂养了(喂养方法见后文)。
在培养天然酵种的时候可能会遇到这样的问题：前两天，酵种的表面产生了很多气泡，膨胀也很明显，但是到第三天却没有再继续膨胀。以前人们普遍认为，天然酵种中各种微生物互相争夺生存空间，当酵母菌和乳酸菌胜利时，天然酵种就培养成功了，而当其他 “坏”细菌占上风时 酵种就不膨胀，培养也就失败了。所以，很多人以为那些在第三天没有继续膨胀的酵种中的酵母菌被抑制了，这才导致培养失败。 其实，酵种中那些微生物之间发生的“争夺战”不是乱中取胜的混战，而是一个更新换代的进化过程。
在培养酵种的第一步中，面粉和水刚刚混合，从表面还看不出有明显的变化，但是其实第一代细菌已经蓄势待发了，其中有一种细菌叫作明串珠菌。明串珠菌和酵母菌一样，会产生二氧化碳，从而导致酵种膨账，但它是一种极其不稳定的微生物。随它一起产生的其他细菌会让酵种的酸度提高 （pH值下降)，而明串珠菌不能在酸性环境中生存，所以明串珠菌的产生会导致环境变酸，继而导致自身的死亡。 在培养酵种的过程中，进行第二步的时候，明串珠菌和适合此时酵种酸度的其他细菌最为活跃，它们导致酵种明显膨胀，由于这时酵种的酸度还不够，大量的酵母菌其实还没有产生，所以我们看到的酵种膨账只是“假象”。
到第三天，酵种继续变酸，使明串珠菌死亡，但是大量的酵母菌还未产生，于是酵种由另一批细菌主导。它们不产生二氧化碳，所以我们观察到酵种停止膨胀，别担心，这只是酵种内的微生物在更新换代。 随着每一代细菌的产生和死亡，酵种的ph值持续下降，酵种继续变酸，直到产生大量酵母茵。它们迅速繁衍，排出二氧化碳气体使面团膨账，这时酵种就培养成功了。
综上所述，酵母菌的繁衍是和酵种的酸度息息相关的：酵种只有达到一定的酸度，酵母菌才会大量繁衍。基于这个原理，我们在培养天然酵种的过程中就要尽量使酵种变酸。如果过了第二天酵种便不再膨胀，不要放弃，这只说明酵种还不够酸。 那么，我们如何帮助酵种变酸呢？有以下几个方法。
1.调节喂养次数。在大量酵母菌产生之前，一天喂养一次就够了，次数多了反而会降低酵种的酸度。在大量酵母菌产生并且数量稳定之后，就要一天喂养两次，否则酵母菌会 “挨饿”。这里介绍的天然酵种培养方法就符合这个原则。
2.调节温度。酵种的温度高于 20%就行，但是在23~25C之间最佳。温度在20C以下时，让酵种变酸的细菌很不活跃，酵种可能需要很长时间才会酸到让酵母菌活跃的程度。如果室温实在太低，可以把装酵种的容器放在台灯附近，因为灯泡发出的热量足以让周围的温度达到20C以上。 注意，这个温度有利于让面团变酸的细菌，而不利于酵母菌。当酵母菌产生并且数量稳定后，它们可以在温度变化范围很大的环境中活动，即使在20°C 以下的环境中也绝对没有问题，只不过不那么活跃而已。所以，这时对温度的要求没有前几天那么严格了。
3.加入酸性物质。参考前面介绍过的培养流程，可以在第一天和第二天的步骤中，即未生成大量的酵母菌之前，在酵种中加入酸性物质 （如半粒维生素C)或者把这两个步骤中的液体换成无糖的天然菠萝汁或柠檬汁。这其实是在人工降低酵种的Ph值，直接把面团变酸。这不是培养酵种的必要步骤，但是可以帮助我们直接跳过前三天让酵种自然变酸的过程，让面团一开始就适合酵母菌的繁殖。
如果已经严格按照介绍的步骤培养天然酵种并且注意做到以上几点，那么酵种应该是酸度适宜的。如果在这样的情况下，喂养了几天的酵种还是一点儿膨胀的迹象都没有，那么就有两种可能。 1️⃣•面粉中根本就没有足够的酵母菌。 面粉中有各种细菌，而我们培养酵种的前提就是面粉中的酵母菌在合适的环境下会繁殖。但是如果使用的面粉经过太多人工处理，导致里面已经没有酵母菌了，那当然就培养不出天然酵种了。这也就是用有机面粉培养酵种的成功率比教高的原因。 在国内的天然酵种培养失败的案例中，绝大多数都是由于所用面粉经过了太多人工处理。 2️⃣•水的问题。有的地方的自来水碱度很高，每次喂养时即使人工加入酸性物质，酵种酸度还是不够。这时，可以用瓶装水试试。
天然酵种的培养有几千年的历史。古代的主妇在工具和科学知识匮乏的情况下都可以培养好天然酵种，说明这不是一件很难的事。所以大家不用害怕，只要原料合适，按部就班，人人都可以成功培养天然酵种（图 4-13）。