将面团材料中的中筋面粉、石磨全麦粉、谷朊粉、盐、红糖、干酵母倒入大碗混匀，中央挖一个坑洞，加入蜂蜜和水。一边用左手旋转大碗，一边用右手将面粉抓起、按下，借助身体的重量充分抓捏搅拌。聚拢成团后，将面团转移到操作台上，反复折叠和揉捏面团，约5-8分钟，面团表面变得光滑即可。滚圆后重新移到大碗中，盖保鲜膜，放入冰箱冷藏发酵20-30分钟。
经过冷藏发酵，面团表面变得更加光滑。称量面团重量后用刮板切割成等重量的四份。滚圆，收口朝下，摆在操作台上。盖保鲜膜，室温下松弛10分钟。注意：为确保面团表面光滑，收口时可以一边搓圆一边把切分面团时形成的切面往里面藏。
等待小面团松弛期间，准备好内馅和装饰所需的材料。如果你用的是长条的香肠，需要切成3cm左右的小段。
取一个小面团，收口朝上，用手将面团轻轻压平成面饼状。从面团中间往上下方向擀开，擀成12×20cm左右的长方形面片。底边压薄便于后续收口。
取6g芥末籽酱和15g小香肠摆在面皮靠近顶面侧，边缘留出大约1cm。然后从上向下卷成棒状，尽量卷紧一点，每卷一圈就用大拇指用力压紧一次以避免产生空隙，同时注意按压面皮的两边避免卷起的过程中露馅儿。
卷好以后收口朝下摆放。依次把四个卷都做好。盖保鲜膜防止干燥，室温下松弛5分钟。
取一个长条，稍微滚长一点，然后将一端搓得稍细，另一端压平。
然后将面团扭转绕成一个圆形，两端叠合，用扁平端包裹住尖细端，捏紧收口。一定要确认收口被捏紧了，不然煮面团时容易爆开。全部整形完毕后，盖上保鲜膜，放在温暖潮湿处继续发酵30分钟。
提前预热烤箱。在锅中倒入热水和蜂蜜，煮至锅底冒出许多细小气泡时，将发酵好的贝果面团放入水中，不时上下翻面（翻面的过程一定要温柔！），煮30-40秒即捞出，摆在铺了油纸的烤盘里。撒上表面装饰用的红椒粉、咖喱粉、粗磨黑胡椒碎。也可以撒一点粗盐粒。
送入预热好的烤箱里，中层上下火200℃烤15分钟，取出烤盘前后对调（为了上色更均匀），继续烤6-7分钟。
烤好后立刻取出，放在散热架上冷却。
贝果现烤现吃是最美味的，如果想要保存2-7天，要用保鲜膜一个个包裹起来，装入食品保存袋密封后放在-20℃冷冻层。想吃的时候提前取出自然解冻，然后用烤箱180℃复烤3分钟，外皮就会恢复脆脆的口感。
包入馅料的时候，卷紧一点，每卷一圈就用大拇指用力压紧一次以避免产生空隙，同时注意按压面皮的两边避免卷起的过程中露馅儿。 收口一定要收紧，否则煮糖水时容易爆开。 建议当天食用，否则应当冷冻保存，不可冷藏（容易老化，口感变得不好）。