甜菜根用刷子在流水下洗刷干净后，擦干表皮，保证表面无水。柠檬用盐搓洗后，擦干确保表面无水。
甜菜根带皮切成约1cm厚的圆片，柠檬去皮后，切成圆片，如果有籽的话需要剔掉籽。
往干净无水无油的容器中依次加入薄薄一层白糖、一层甜菜根、一层白糖、一层柠檬，如此循环，最后再材料上方铺上白糖至看不见材料为好。 在容器口盖一张保鲜膜，并用牙签在其上戳很多小孔，虚盖上盖子。放在通风阴凉处。
每天进行一次开盖、搅拌，将沉淀于瓶底的糖充分搅拌，使其溶解。冬日入夜，如果屋内温度较低时，可以用毛巾覆盖在容器上。
约7天后，材料全部浮起，表面可见很多气泡。此时酵素已养好。
过滤除去渣滓，将原液入罐。放入冰箱或在阴凉的地方保存。
原汁兑温水（26°C-47°C）喝，每天摄取原汁60ml为基准。