在清洗海兔子时，有些人通常是撕去体表的粘膜，掰去其头部和触腕，最后抠去内脏。这样的清洗方法是不对的，多数可食部分被除去了，只剩下薄薄的一层外套肌，实在是一种浪费。要知道的是海兔子的头和腕也属于可食用部分，而且，清洗海兔子时里面的卵也是不需要清理掉的。如果你不喜欢吃里面的卵，可以选择去掉。
清洗海兔子时，先把它的外表洗干净，拔出海兔子的头部清洗干净，这大多数情况下会将墨囊一起弄出来，在清洗时要小心点弄掉，不要弄破它，不然会弄得海兔子黑乎乎的。海兔子顺着脊背内侧有一条细长的、透明的类似塑料的东西，清洗时要抽掉。海兔子的眼睛里有墨水，要清理掉，可以用剪刀或小刀切开眼睛的一条缝，然后把眼睛部分挤出来。